Em 2008 a Unemat passou por uma restruturação profunda, fruto da luta da comunidade acadêmica, decorrente das alterações das seguintes Leis:
- Lei Complementar 030, de criação da Unemat, que foi substituída pela LC 319. Entre as principais alterações, estão a criação do Conselho Curador e do Congresso Universitário, instância máxima, deliberativa e norteadora das diretrizes para elaboração do Estatuto da Unemat.
- Lei Complementar 074, do Plano de Cargos, Carreira e Subisídios dos Profissionais Técnico-Administrativos, que foi substituída pela LC 321.
- Lei Complementar 100, do Plano de Cargos, Carreira e Subisídios dos Docentes, que foi substituída pela LC 320.
O Congresso foi realizado com sucesso, inclusive com participação paritária dos três segmentos, onde foram conquistados enormes avanços:
- Voto paritário
- Composição paritária dos Conselhos
- Descentralização pedagógica, através dos Institutos e Faculdades
- Descentralização financeira através de critérios para repasse financeiro
- Impossibilidade de re-eleição para qualquer cargo eletivo
- Nível mínimo de Doutor para concorrer ao cargo de Reitor
Todas essas vitórias da comunidade acadêmica não são do interesse do reitor, que se recusa a convocar o Consuni para aprovar o Estatuto, pois a atual composição dos conselhos não é paritária e lhe garante total apoio para quaisquer deliberações, mesmo que autoritárias.